Pemberlakuan Undang Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang pemerintahan daerah sekaligus tidak berlakunya Undang Undang Nomor 5 Tahun 1974 tentang pokok pokok pemerintahan daerah, mengubah system pemerintahan terdiri dari pemerintah (pusat), pemerintah Provinsi dan Pemerintah Kabupaten/kota yang bersifat otonom. Semula bernama Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Daerah Tingkat I Jawa Timur kemudian berubah menjadi Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Jawa Timur, lalu berubah menjadi Dinas Pendidikan Provinsi Jawa Timur (PP 41/2007). Otonomi daerah adalah kewenangan daerah otonom untuk mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat setempat menurut prakarsa sendiri berdasar aspirasi masyarakat sesuai dengan peraturan Undang Undang Nomor 22 Tahun 1999 Pasal 7, dan di perbaruhi lagi dengan Undang-undang No. 23 tahun 2014 Tentang Pemerintah Daerah.

Dinas Perikanan dan Peternakan Kabupaten Ngawi berfungsi sebagai unsur pelaksana otonomi daerah yang bertanggung jawab dalam pengelolaan sumber daya perikanan dan peternakan. Dinas ini dibentuk untuk meningkatkan produktivitas dan kesejahteraan masyarakat melalui pengembangan sektor pertanian, khususnya di bidang perikanan dan peternakan. Dinas Perikanan dan Peternakan resmi berdiri pada tanggal 3 Agustus 2011, berdasarkan keputusan pemerintah daerah yang bertujuan untuk memberikan layanan yang lebih baik kepada masyarakat dalam bidang perikanan dan peternakan.

Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang merupakan unsur pelaksana otonomi Daerah yang dipimpin oleh Kepala Dinas yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Kabupaten Ngawi merupakan unsur pelaksana urusan pemerintahan Bidang Pekerjaan Umum sub urusan tata bangunan, tata ruang, sumber daya air, dan bina marga yang menjadi kewenangan daerah.
Merupakan dinas teknis, namun demikian apabila dilihat dari sumber daya manusia komposisi pegawai non teknis lebih banyak dibandingkan dengan pegawai teknis.

Dinas Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah merupakan unsur pelaksana otonomi Daerah yang dipimpin oleh Kepala Dinas yang berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Dinas ini dibentuk untuk mengelola dan mengembangkan sektor koperasi serta usaha mikro, kecil, dan menengah (UMKM) di Kabupaten Ngawi, dengan tujuan meningkatkan kesejahteraan masyarakat melalui pemberdayaan ekonomi lokal.

Dinas Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah merupakan unsur pelaksana otonomi Daerah yang dipimpin oleh Kepala Dinas yang berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Dinas ini dibentuk untuk mengelola dan mengembangkan sektor koperasi serta usaha mikro, kecil, dan menengah (UMKM) di Kabupaten Ngawi, dengan tujuan meningkatkan kesejahteraan masyarakat melalui pemberdayaan ekonomi lokal.

Dinas ini resmi berdiri berdasarkan peraturan yang ditetapkan oleh pemerintah daerah untuk memenuhi kebutuhan akan pengelolaan informasi publik dan statistik yang lebih baik. Pembentukan Dinas ini juga sejalan dengan upaya pemerintah untuk mewujudkan pemerintahan yang transparan dan berbasis data. Dinas Komunikasi, Informatika, Statistik, dan Persandian Kabupaten Ngawi dibentuk untuk mengelola dan mengembangkan sektor komunikasi dan informasi, serta meningkatkan transparansi dan akuntabilitas pemerintahan melalui statistik dan persandian.

Dinas ini didirikan sebagai bagian dari upaya pemerintah untuk meningkatkan kesehatan masyarakat dan melaksanakan otonomi daerah. Dinas Kesehatan Kabupaten Ngawi berfungsi sebagai unsur pelaksana otonomi daerah yang bertanggung jawab langsung kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Dinas ini dibentuk untuk melaksanakan urusan pemerintahan di bidang kesehatan, termasuk perumusan kebijakan teknis, penyelenggaraan pelayanan kesehatan, serta pembinaan terhadap Unit Pelaksana Teknis Dinas. Dinas Kesehatan Kabupaten Ngawi tidak hanya berfungsi sebagai lembaga pemerintah, tetapi juga sebagai pendorong utama dalam meningkatkan kualitas hidup masyarakat melalui layanan kesehatan yang lebih baik.