Pemberlakuan Undang Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang pemerintahan daerah sekaligus tidak berlakunya Undang Undang Nomor 5 Tahun 1974 tentang pokok pokok pemerintahan daerah, mengubah system pemerintahan terdiri dari pemerintah (pusat), pemerintah Provinsi dan Pemerintah Kabupaten/kota yang bersifat otonom. Semula bernama Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Daerah Tingkat I Jawa Timur kemudian berubah menjadi Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Jawa Timur, lalu berubah menjadi Dinas Pendidikan Provinsi Jawa Timur (PP 41/2007). Otonomi daerah adalah kewenangan daerah otonom untuk mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat setempat menurut prakarsa sendiri berdasar aspirasi masyarakat sesuai dengan peraturan Undang Undang Nomor 22 Tahun 1999 Pasal 7, dan di perbaruhi lagi dengan Undang-undang No. 23 tahun 2014 Tentang Pemerintah Daerah.