Secara historis, dinas ini terbentuk pada 2001 berdasarkan Keputusan Gubernur Jawa Barat No. 52 Tahun 2001, sebagai hasil penggabungan empat instansi pemerintah terkait pariwisata dan kebudayaan. Awalnya bernama Dinas Kebudayaan dan Pariwisata, berlokasi di Jalan LLRE Martadinata No. 209, Bandung.

Pada 2007, sesuai kebijakan Otonomi Daerah, nomenklatur diubah menjadi Dinas Pariwisata dan Kebudayaan untuk menegaskan peran pariwisata dalam ekonomi daerah, sementara kebudayaan tetap menjadi urusan wajib sesuai Peraturan Pemerintah No. 87 Tahun 2021.

Dinas Kebudayaan Kota Yogyakarta berkedudukan di Jl. Kemasan Nomor 39 Kotagede Yogyakarta. Dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Yogyakarta Nomor 4 Tahun 2020 Tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kota Yogyakarta;

Peraturan Walikota Yogyakarta No. 113 Tahun 2020 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Kebudayaan (Kundha Kabudayan); dan Peraturan Walikota Yogyakarta No. 133 Tahun 2020 Tentang Pembentukan Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Pada Dinas Kebudayaan (Kundha Kabudayan). Sebelum Menjadi Dinas Kebudayan (Kundha Kabudayan), nama organisasi ini telah mengalami perubahan nama yaitu Dinas Pariwisata, Seni dan Budaya berdasarkan pada Peraturan Daerah Nomor 09 Tahun 2005, kemudian pada tahun 2008 diubah menjadi Dinas Pariwisata dan Kebudayaan Kota Yogyakarta berdasarkan Peraturan Daerah No. 10 Tahun 2008 yang kemudian berpisah dengan Dinas Pariwisata dan Menjadi Dinas Kebudayaan Kota Yogyakarta sesuai dengan Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2016.