Kementerian Kelautan dan Perikanan didirikan pada tanggal 26 Oktober 1999 sesuai dengan Peraturan Presiden Nomor 38 Tahun 20231. Kemudian berubah menjadi Kementerian Kelautan dan Perikanan sesuai dengan Peraturan Presiden No. 47 tahun 2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara.